RNAに結合する低分子の結合スクリーニング

日本医療研究開発機構（AMED）の「次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業（RNA標的創薬技術開発）」において、研究開発課題「機能解析に基づくRNA標的創薬のための統合DBとAIシステムの構築」（研究期間：令和３年度〜令和７年度）を進めています。本プロジェクトに於いて中谷グループは、「RNAの特定部位に選択的に結合する低分子のスクリーニング」を表面プラズモン共鳴（SPR）法を用いて実施しています。

スクリーニングの手順です。

SPRセンサーの金薄膜上に核酸（DNA, RNA）を固定化します。次に、バッファーとともに化合物をセンサー上に流します（結合フェーズ）。化合物が核酸に結合するとSPRシグナルの強度は上昇します。結合した化合物はセンサー上に留まり、そ量は化合物の核酸に対する親和性に依存します。一定時間経過後、バッファーだけを流します（解離フェーズ）。核酸上に結合した化合物が徐々にバッファーにより流し出され、それに伴いSPRシグナル強度は低下します。結合フェーズ、解離フェーズにおける経過時間とシグナルの変化量は、化合物がその核酸に対して示す特徴量として扱うことができます。

SPR装置としては、Biacore 8K⁺（左）とBiacore T200 の２台を使っています。